מכינת עצם הוקמה בשנת תשנ"ב ע"י הרב רפי פרץ בישוב עצמונה שבגוש קטיף. בשנת תשס"ה בביצוע תכנית ההתנתקות נעקרה המכינה עם שאר המתיישבים בגוש קטיף ועברה לתחנות זמניות. בשנת תש"ע החל הרב רפי לשמש כרב הצבאי הראשי ומינה את הרב חיים ברוך לראש המכינה עד היום. בשנת תשע"ב נכנסה המכינה למשכן הקבע בישוב נווה שבחולות חלוצה. המכינה פועלת זו השנה ה-23 ונמצאת בתהליך התפתחות מתמיד.
המכינה מחנכת לערכי אמונה הרואים במדינת ישראל את "ראשית צמיחת גאולתנו" ובמחויבותנו לשאת בגאון את יהדותנו ומתוך כך לתרום לטובת העם והארץ - ככל הנדרש.