עמותת בוגרי מגלן משמשת כארגון גג עבור אלפי בוגרי היחידה, בהם לוחמים ותומכי לחימה, בעבר ובהווה, בשירות סדיר ובמילואים. העמותה פועלת לתמיכה בקהילת הבוגרים וביחידה הסדירה במגוון תחומים, ביניהם: הענקת מלגות לימודים לסטודנטים המשתתפים בפרויקט החברתי-קהילתי לליווי נוער לשירות משמעותי בצה"ל; תמיכה בפצועי מלחמה באמצעות מערך ייעודי לליווי נפגעים; ליווי ותמיכה במשפחות שכולות; מימון סדנאות לעיבוד חוויות קרב ומניעת פוסט-טראומה; ארגון אירועי גיבוש לבוגרים; מתן מענה תעסוקתי; תמיכה בחיילים בודדים; וכן שיתוף פעולה וקיום אירועים משותפים עם היחידה הסדירה.