בית הכנסת המרכזי רמת בית שמש א' מקיים מנייני תפילה בכל ימות החול, בשבתות ובימים טובים. מלבד משפחות חברי העמותה, המקום משמש כמקום תפילה מרכזי הפתוח לכלל תושבי השכונה מסביב.
נוסף לתפילות מתקיימים בבית הכנסת שיעורי תורה קבועים בשבתות ובימות החול.
כפי שהוגדר על ידי חברי העמותה, בית הכנסת מתנהל בהתאם לפסקי הרבנות הראשית, בדגש על תפילות חגיגיות ביום העצמאות ויום ירושלים.
עמותת בית הכנסת מנהלת מסביב לבית הכנסת קהילה נעימה ומכילה, ובה פעילויות חסד ואחריות הדדית מתוך מאור פנים.