מוסדות ישיבת אופקים מונים:
1. ישיבה גבוהה לבחורים מכל רחבי הארץ שאינם יכולים למצוא את מקומם בישיבה לבחורים רגילים.
2. ישיבה לבחורים בגילאי חטיבה עליונה מתושבי העיר.
3. כולל אברכים ששותפים בקידום הבחורים בישיבה הגבוהה, וכן משפיעים על כל תושבי אופקים.
הישיבה נותנת מענה טיפול אישי ומסור ע"י צוות מיוחד שנותן את כל כולו למען כל בחור בכדי שייצא לעולם המעשה בנוי, ועם מידות טובות שישפיעו על החברה הישראלית, ע"י קשר אישי, הן בזמן הלימודים והן בחופשים.