קהילת משכן שמואל פועלת בשכונת חומת שמואל (הר חומה) בירושלים מאז שנת תשס"ח 2008. בראשות הקהילה עומד הרב עזריה אריאל. בקהילה חברות כ-60 משפחות היוצרות יחד קהילה מגוונת, מגובשת ופעילה בתחומי חסד, סיוע הדדי, תרבות ושיעורי תורה.
בימים אלו יוצא לדרך פרויקט הבנייה של בית כנסת הקבע של הקהילה בירושלים בשיתוף קהילת 'חומת רחל' הסמוכה. המבנה הייחודי יכלול שני בתי כנסת לשתי הקהילות (משכן שמואל - אשכנזי, חומת רחל - ספרדי) ויהווה מרכז רוחני-קהילתי מרכזי בשכונה.